本會置委員29人至31人。總統兼任召集人，副召集人2人，1人由總統指派，另1人由代表原住民族之委員互相推舉產生。其餘委員包括原住民族16族代表各1人、平埔族群代表3人、相關機關代表、專家學者及具原住民身分之公民團體代表。
本會下設土地小組、歷史小組、和解小組等主題小組，負責相關事項研議，提請委員會議討論。本會召集人得聘請學者專家擔任本會顧問。
本會置執行秘書與副執行秘書，均由召集人指派，綜理本會幕僚業務。本會之幕僚業務由總統府、原住民族委員會及相關機關派兼人員組設秘書組、議事組辦理之。（如下組織圖）